由于近十多年来社会气功的发展过快，管理又没有跟上，而引发了一些问题。由于宣传上的误导社会上出现了“宗教气功”、“气功宗教”，特别是"法轮功邪教"的出现，给传统的医疗气功、健身气功造成认识上的混乱，对今后的发展带来很大的障碍。要想继续推广倍受人民喜爱的医疗气功和健身气功，我们首先要搞清什么是医疗气功？什么是健身气功？它与其他气功特别是邪教“气功”有什么区别。搞清楚它们的各自定义、内容、练功目的、指导理论就迎刃而解了。在这里我简要的提出医疗气功、健身气功与其他气功的几个区别点，供国内外气功锻炼者参考。
一、从历史发展、经典文献记载加以区别
医疗气功的历史比较悠久，在四千多年前的仰韶文化时期已经有了导引彩陶盆，春秋战国时代就有了文字记载的“行气玉佩铭”、中医经典文献“黄帝内径”、西汉马王堆出土的“导引图”、东汉的“铜规矩镜”等等，都有关于气功的记载。只不过在古代不叫气功，而称其为导引、按跷、吐纳、内功等。是中华中医文化的重要组成部分。这就是说，中国医疗气功在中国宗教没有出现之前就已经是中医治疗疾病的重要方法之一了。
隋代名医、太医博士巢元方为首的，集体编著的《诸病源候论》，是继《内经》、《难经》、《伤寒论》、《金匮》等之后的一部中医古典著作。其中就收入289种导引功法，去掉重复的76条，这213条不同的导引法，分别用于110种病候的治疗。治疗范围遍及内科、外科、妇科、五官、口腔、皮肤等科，而且不同病候用不同功法治疗。多数病候，一候有多种导引法，最多的达十几种方法，重复的很少。这里面蕴藏着古人在长期临床实践中积累的辩证施功经验。
唐代名医孙思邈的《千金方》也记述了很多导引方法，陕西药王庙唐代的石碑上也刻着导引方（现在的保健功类气功）。宋代的《圣济总录》等都有导引记载，其经典不下几十种，可谓浩如烟海。而宗教学里没有这些记载，即便有也在明清以后了。
二、现代有《医学百科全书-气功分卷》、《中国气功学概论》、《气功疗法实践》、《实用气功手册》、《太极养生内功》、《实用中医气功学》、《气功大辞典》、《简明气功辞典》等。而宗教学里没有这些内容；
三、练功目的不同：自古至今各种导引气功方法都是以治病、防病为目的的，与宗教毫无关系。
四、医疗辨证选功：医疗气功必须辩证选功，一个方法治疗一种疾病或一种疾病用几个导引气功方法治疗。同时，一种导引方法也可以治疗不同的疾病，就像药物一样，所以要由许多功法组成医疗气功应用学。
五、有病案（病历）记载：凡是治疗疾病的气功必须有病历记载，从古至今都如此。
六、有医疗机构设置。医疗行为必须在医疗单位内进行：医疗气功必须在医院、专科医院等医疗单位内进行，这是对病人负责。
七、有医疗护理常规：任何一种治疗方法都有它的治疗程序和规则，也有它的护理操作常规，违反了这个常规就会出差错或出现医疗事故。气功疗法也是有医疗护理常规的，没有这个常规练气功就会出偏差，医学上就叫医疗事故。社会上的气功出偏就是因为一些“气功师”不懂医疗护理常规，促使一些练功者出现偏差（古代称其为走火入魔）事故。
八、有科学规范的诊断、疗效判断标准：这就是医疗气功特别应该注意的一点，他和公园气功、武术气功、表演气功、宗教的禅修是有严格区别的。首先他是一种治疗方法，治疗前要有明确诊断，治疗后要有病历总结和疗效分析（判断），而这个判断标准必须按医学各科专业已经制定的标准为依据，不能夸大气功疗效。更不能以“气功大师”的标准为标准，不能用“举手”疗效、“公园疗效”、“人缘”疗效、“感情疗效”等为依据。
九、气功与宗教到底有什么关系：气功与宗教本来没有什么关系，从一个起码的历史知识就可明白。宗教在历史的长河中曾经吸收和保护过一些类似气功的内容，特别是中国道教，这也是事实。但是，那也是明清以后的事了；
十、而邪教是利用了气功名词并抄袭了别人的功法，他们常带有政治目的和迷信色彩，与医疗气功、健身气功无关；
十一、医疗气功、健身气功都有自己的管理机构与各自的设施，宗教协会里没有气功管理机构，过去没有今后也不可能有；
十二、医疗气功、健身气功与武术气功也有区别，他们的锻炼目的不同。一个是用于医疗、健身，一个是用于技击或表演；
十三、基础科学研究。在五十年代，已经开始的医疗养生气功的基础研究取得了初步成果，气功临床应用研究比较多，成果也比较多，1959年10月的北戴河全国气功工作、学术交流大会后，出版了两本中医气功学术资料，报导了此时期医疗气功的研究水平和开展气功工作经验。
十四、党中央、中央政府对开展气功疗法工作的支持，中央领导同志对气功疗法的支持与题词并亲自应用气功疗法，如：刘少奇（国家主席）、林伯渠（国家副主席）谢觉哉、彭真、十个元帅、林铁（原河北省省长）、李德全（原卫生部部长）许运北、郭子化（原卫生部副部长）等。著名人士有如：何香凝（廖承志的母亲）、蔡廷楷（国民党革命委员会副主席、军委副主席）、方石珊（中华医学会、红十字会负责人）、王任重、任诗吟等。
以上所列内容其他气功不具备。
