玄关一窍，至为玄妙。古人说：“玄关一窍，是修士第一要务”；“修道之要，除此玄关一窍，余无可进步也”；“玄关窍，可以了结千经万典之义”。
因为“此窍非凡窍，乾坤共合成，名为神气穴，内有坎离精”（张紫阳《金丹四百字》），“能知此窍，则冬至在此矣，药物在此矣，火候在此矣，结胎亦在此矣，脱体亦在此矣”。（《金丹四百字自序》）
玄关一窍，至为玄虚。它在何处，众说纷纭。或说为心肾（为坎离水火），或说为下丹田、中丹田（中黄庭），但一般指为上丹田、泥丸宫，可是紫阳真人说：“此窍者，非心，非肾，非口，非鼻，非脾胃，非膀胱，非丹田，非泥丸。”
虚靖大师也说“玄关一窍有阴阳，心肾原非水火乡，寄语炼师高着眼，莫将心府作南昌”，否定了心肾；“心肝脾肺肾胆府，嘘呵哂嘻呼吹取，父母后天阴阳气，如何可以祈晴雨”，否定了其他脏腑“有言脐下寸三分，作用金光此处存，岂识此中阴浊气，运成秽浊不堪闻”，“妄言一窍在眉心，直入三分可许深，误杀世人真可笑，如将 石作黄金”，“脐轮后与肾相连，两处空空总后天，若问先天玄妙处，除非得遇至人传”，又否定了上、中、下丹田。“昧去自家元气主，妄想天罡对空取，恰是骑车云觅牛，此等之人何足语”，否定向外“取气”（《明真破妄章颂》）。此一窍，如何觅之？
“此之一窍，不可以私意揣度，是必心传口授。苟或不尔，皆妄为也”（张紫阳），而必得至人口传心授的众多传人所指玄关却被两位大师指为“妄为”。两位大师又不肯明言，只指出“夫此一窍，亦无边旁，更无内外，乃神气之根，虚无之谷。
在身中求之，不可求于他也”（张紫阳）。我们未得至人口授，只能“私意揣度”，认为两位至人扑朔迷离，未言已言。修炼之道“不可执于无为，不可形于有作，不可泥于存想，不可著于持守，不可枯坐灰心，不可盲修瞎炼”，“岂可泥象执文，而溺于旁蹊曲径？然金丹之于无，又不可为顽空。当知此空，乃是真空，无中不无，乃真虚无”（张紫阳）。若泥象执文，则大师未言；若不泥象执文，则可知大师已口授心传矣。“汝其味之”！（张紫阳）
首先玄关乃“虚无之谷”并无实体。虽应“在身中求之，不可求于他”，切莫“骑牛去觅牛”，但“此窍非凡窍”，“无边旁，亦无内外”，它不是人体任何组织，任何穴位，它们都是后天之物，而不是“先天玄妙处”。
虽然玄关一窍有阴阳，但不是一般经络、脏腑之阴阳，“阴阳吞啖运符中，心肾盈亏黑与红，一个乾坤如许大，这些伎俩岂能通”；“两肾中间一点明，痴人守此欲通灵，谁知此处皆阴气，若此阳晶隔万程”；“人言心下一包空（膻宫或黄金殿）精气神聚于此中，何似痴人容易惑，盖缘不识主人翁”……否则都是“不辨真阳”，“错认后天”，“误指雷霆”（虚靖大师）。这“乾坤”这“阴阳”，应是先天之真阴真阳。
其次，玄关是“神气之根”，“无中不无，乃真虚无”，“虚无”中的“不无”，便是神和气，它们便是先天真阴真阳。“先天祖炁至阳晶，炼尽阴魂一性灵，九转玄功成顷刻，阴阳交媾结胎婴”――虚靖大师以“阴魂”和“祖炁”为真阴真阳。
紫阳真人也明言此窍由“乾坤”共合成，名为神气穴，以“气”与“神”为真阴真阳，“心属乾，身属坤，故曰乾坤鼎器”。鼎器并非一窍一穴，而乃整个身心。身当指人体生命代谢系统，“心”不是心脏，而是人体信息指挥系统。
乾中有阴阳，信息系统中的大脑等，在人体之上为乾，其功能――“神”便是阳中之阴，是为真阴，身在下为坤，其中文“炁”（“气”）为阴中之阳；是为真阳所以真人说“身中有一点真阳之气，心中有一点真阴之精”。
但神又有阴阳，意识中枢的功能为“识神”，凭五官感知显信号认识事物，潜信息中枢的功能为“元神”，可感知隐信号自动进行信息处理。（详见拙稿《智慧说》，见《人天科学研究》93.3）“心中的一点真阴之精”乃是“元神”。“此心心外元（原）无法，咒诀符图少合真。心真将何为妙用，灵光一点运元神。”
（虚靖大师（“炁”或“气”既不是“口鼻吸之气”，也不只是人体后天特有之精微物质与能量，而是生成天地万物的本源之物质：“三才天地人同炁，人禀先天一炁灵，一炁具身名曰道，感通天地及神明”（同上），故名“祖炁”或“元气”、“真气”。
“祖炁”侧重指出其本源性，“元气”、“真气”可既指祖炁，也可指“一炁具身”在人体内形成的精微物质，无形能量。修炼中，“真气凝结”，“元神广大”（紫阳真人），祖炁与阴魂结合而玄关自现。一壑居士注《金丹五百字》说“神气和融，则玄窍自见”。
由此看来，玄关并无实处，而是“神气和融”的一种现象。似乎是老子最早提出“玄关”，但称为“玄牝”；“谷神不死，是谓玄牝”（张紫阳也称玄关为玄牝），也是指的一种现象，而不是窍穴。老子描述玄关现象用到“窍”字的这段文字：“孔德之容，惟道是从。
道之为物，惟恍惟惚。恍兮惚兮，其中有象，其中有物。窍兮冥兮，其中有精；其精甚真，其中有信”。其中的“窍”字，我们认为应校勘为“窈”，才能与“冥”同义并列。所以，这里只是描述了玄关现象而没有指窍穴。这种现象――内视到物象是由于“道”中有“精”有“信”，是“精”“信”结合的结果。
