太极内功是太极拳术中内功与外功相结合的一种气功，也就是说在练功时，要分为内外两个方面来进行锻炼，必须内外合一，两者相互结合是一套完整的功法。它的特点是以意守命门为主，运用吐纳导引的运气方法，来起到调息的作用，最终达到强身治病的目的。所谓“平气定息，握固凝想，神宫内视，五脏照彻”，也就是用“意”、“息”来调和内脏阴阳的平衡。而这一作用的基本原则是以“阴阳交合，水火相济”为基础的。因此意守命门是太极内功锻炼中的关键。
什么部位是命门呢？根据《内经》中所说是在两肾之间。古人所说的“膈肓之上，中有父母，七节之旁，中有小心”即是指的这一部位。太极拳书中也说：“命门在两肾脏之间”。
祖国医学认为：命门之火属于先天的元阳，肾中之水则属于先天的元阴，二者为一个人生命的根本。练功养生家又把命门称为后丹田，在命门两侧是左右两肾，赵献可在《医贯》中又以“中”字为解，以太极形容，则左肾为阴水，右肾为阳水，命门在两肾之中，是卦中之坎象，一阳陷于二阴，水气潜行地中，为万物受命根本。因此，认为肾虽属水，而水中有火，二者之间的平衡实为保持身体健康的关键。
我们都知道，肾气与生长发育有着密切而重要的关系。有生之初，胎孕始结，形如露珠，这是父母之精气，为生长发育的根本，乃得气于先天。若既生之后，饮食所长养之气血，则为后天。故同为生长发育所需之气，尚有先天后天之分，而先天水火又为后天之根。故水火为气血之源，而肾与命门则又为水火之本。肾与命门为人身“元阴元阳”（或真阴真阳），为藏精之所在，精即水，精中之气即是火，精以成形，气以成神，原于父母，故以肾中水火为先天，水得火则气常温而不寒，火得水则形常润而不枯，一有偏胜，即失其中和，而后天培养之功必不可少。
后天者为脾胃。火根于肾而属诸心是什么道理呢？因肾为水之宅，阳根于阴，则火生，火性上升。心为火之宅，至其宅而后旺，故从其旺而属之心。故曰：心为君火，肾为相火。肾位于下输其火于心，以为神明之用，若失其主，则有飞扬僭越之患。故肾水充足，乃能上奉于心，心火旺乃能下交于肾，心肾相交，水火既济，方能神安志定，精神饱满。水火相交，精方能化气。在太极内功的锻炼中，通过意守命门，配合“抓闭”、“喉头”、“意识”等内呼吸法，使命门之火充沛，方可达到这种目的。陶弘景曾说过：“养生之道，以精为宝，施之则生人，留之则生身”。所以，练功家特别注意“保精”，精足则气足，气足则神足 ，精、气、神充足，身体才能强健。所以人体内脏功能和生长发育以及生育繁殖，无不依赖于肾水、命火之相济。所以《景岳全书·传忠灵》说：“命门为精血之海，脾胃为水谷之海，均为五脏六腑之本；然命门为元气之根，为水火之宅，五脏之阴气，非此不能滋，五脏之阳气，非此不能发，而脾胃以中州之土，非火不能生，……脾胃为灌注之本，得后天之气也；命门为化生之源，得先天之气也”。又说：“命门有火侯，即元阳之谓也，即生物之火也”。对这些论述我们从临床病理的变化中，可以得到验证。如肾阴不足的病人，可以导致肝阴不足而引起头晕、目眩等虚阳上亢的症状；肾阳不足的病人，可以导致脾阳不振而引起脾虚泄泻、食少纳呆等症状。另一方面，如果命门火不足，可引起阳痿、早泄等症状；反之相火妄动，可引起阳亢、梦遗等现象。因此，我们可以理解到命门为五脏六腑之本的意义。
通过太极内功的锻炼，配以内呼吸可以使肌体内脏活动迅速增强，意气达于命门，肛门紧缩及提睾，有形之精上提并化为无形之气，再通过以意守命门为主，前后丹田内转呼吸之锻炼，使水火相济，五脏六腑之气各归其部，百脉充实，各效其能，这时不但诸病消除，机体也强健了，为拳术上的技击能力也打下了坚实的基础。
