古人认为，上丹田位于脑部的泥丸宫。《东医宝鉴》记载：“脑为髓海，上丹田”。丹经指出，上丹田为“藏神之府”。《修真辨难》中还指出“下丹田者，练精化气；中丹田者，练气化神；上丹田者，练神还虚。”在《遵生八笺》一书中更明确提出“上丹田为性根”，可见上丹田与大脑的功能、智慧等密切相关。现在一般气功书刊中所说的“意守上丹田”，多是指意守两眉之间的印堂处（亦有人将百会穴叫上丹田），即道家所说的“祖窍”，又称玄关、天根、元门、根窍、众妙门等。根据传统气功理论，有人认为它是元神出入之所，泥丸脑府的门阙，并将此处作为开练门径，甚至认为如能将此窍打开，与外界勾通后，可以出现一些特殊的景象功能。
我们知道，在气功入静状态下，通过意守可以影响内气的运行。意守的部位和方法不同，对人体的内气产生的作用也不同，意守上面的部位，如意守百会（头顶正中）、印堂（两眉中间）时，可引导内气上行，易出现血压上升（在正常人表现为头胀、头晕、头痛），呼吸短浅等现象；而意守下面的部位，如肚脐、会阴（前后阴之间）、涌泉（脚心处）可引导内气下行，出现血压下降，呼吸深长等现象。因此，初学气功的人，如没有特殊病情，没有名师指导，切不可随便意守上丹田。只有在利用意守方法治疗一些中气下陷的疾病如胃下垂、脱肛、长期慢性腹泻、低血压等时，才考虑适度地意守上丹田，以提升阳气，升高血压。但对于一个初学气功者来说，不要马上意守上丹田。如果患者属心火上炎、肝阳上亢以及高血压等症，更不能意守上丹田，以免加重病情。
