当练功达到入静状态时，不仅能主观上感受到那些极其舒适的心理效应，身体上也会出现许多客观的变化，产生良好的生理效应。这些客观变化表现在全身各个系统。对这方面的研究，是从50年代开始的。大量研究已证实了气功入静的生理效应，其机理尚待更系统深入的研究。这里仅对主要的内容作一简介：
1、神经系统：当练功人进到入静状态时，脑电图发生显著变化，与睡眠安静状态完全不同；大脑皮层主动性抑制增强与扩散，进一步可使感知觉发生改变；调节内脏活动的植物神经系统发生改变，表现为交感神经的兴奋性降低，副交感神经的兴奋性增强，受其支配的内脏功能发生改变，例如泪腺分泌增多，口腔稀薄唾液增多等。
2、循环系统：在入静状态下，可以见到心率减慢，血压多降低，周身微循环改善；心脏收缩时间间期发生有益的变化，心电图Ｔ波幅度增高。实验证明，气功入静对脑血流量有双向调节作用，即脑血流不足之增加，偏高之降低，恢复到正常范围。对入静状态下意守不同部位的多导血流同步定量观察（包括每搏输出量、脑血流量、上肢和下肢血流量），发现通过意守可直接影响血液循环，完成血流量的再分配。
3、呼吸系统：入静状态下，呼吸逐渐变得柔和、细缓、均匀、深长，呼吸频率变慢；肺活量增大，使氧气的更新率提高，毛细血管通透性增强，气体交换率增加。
4、消化系统：入静后，胃肠活动增强，胃电增加，消化吸收能力增强，肠鸣作响，排气增多；胆汁分泌活动增强。
5、内分泌系统：入静状态下对内分泌系统的影响是多方面的。可使血浆核苷酸水平发生变化，CAMP/CGMP比值趋向正常，为气功“平秘阴阳”的作用提供了依据；可纠正性激素的异常，为气功“培精练气”、“培本补肾”作用提供了佐证。
6、免疫系统：入静后嗜酸性白细胞增加，白细胞吞嗜功能增高，唾液中的SIGA和溶菌酶明显增高，机体细胞免疫及体液免疫能力增强，说明气功锻炼可提高人体的抗病免疫能力。
此外还发现，入静状态中人体的基础代谢率降低，氧耗量减少等。
总之，在入静状态下，各系统的指标都相应地出现了有益的改变。气功锻炼从开始到入静的过程中，首先是从心理调整启动变化的，在良好的心理状态下，神经系统功能向着同步协调的方向发展，进一步通过神经及神经内分泌途径作用于全身，引起全身各系统功能活动向着健康协调的方向发展。这是一个从心理到生理，从精神到形体，从局部到全身的变化过程。
