气功虽涉及许多学科，但与中医学关系最密切。古代医学家大多通晓养生之术，而气功家也深知医药之理。一方面中医基础理论是组成气功理论的重要部分，起着指导练功实践的作用；另一方面，通过练功实践获得的实际感受，更可加深对机体阴阳、脏腑、经络、精气神、气血及气化等中医基础理论的理解。通过这种实践与理论相互间的反复作用，气功效应的中医机制也逐渐被总结提炼出来：气功主要通过调神练意的过程或方法，起到调整脏腑机能、增强气化功能、发挥平秘阴阳、调和气血、疏通经络、培育真气的作用，达到养生益智、祛病延年的功效。
1、平秘阴阳，调整脏腑：气功对机体阴阳平衡具有广泛的调节作用，可通过一定的功法，达到调节机体不同的功能状态，使之呈现出“抑亢助虚”的双向调节效应。比如，对高血压和低血压病人，气功锻炼可使两类患者的血压均趋向正常水平。同时，通过练功使心神安宁，“主明则下安，以此养生则寿”，协调脏腑的功能，使各脏腑各安其职，发挥各自应有的作用，从而使身体健康。如失眠多梦多属“心肾不交”，通过练功使“水火既济”，即导引心火下行，肾水上济，脏腑功能得到调整，相应的病症也得到改善。
2、调和气血，疏通经络：气功锻炼时心静体松，元气充盛，使气血得到充养，并促使气血运行，疏通瘀阻的经络，使五脏六腑、四肢百骸都得到充养。大多数练功人在锻炼时会出现手足或身体某些部位发胀温热的感觉，或者感觉到一股暖流沿着一定路线移动。练功时肢体容积增加，区域血流相应变化等实验结果也证实气功确能调和气血，疏通经络。
3、培养真气，增强气化功能：气功锻炼通过调心凝神，调整脏腑功能，增强了气化功能，培养了真气，从而使“精”足、“气”充、“神”旺、身体健康。人体的健康取决于元气的充盛，元气充盛则后天诸气得以资助，从而脏腑充盛，心身健康。气功锻炼的治病强身作用，很大程度上是通过培补元气而实现的。《素问·上古天真论》所讲：“恬淡虚无，真气从之。精神内守，病安从来”，便是气功培补元气机理的精辟论述和概括。
４、养生益智，祛病延年：气功锻炼时，通过宁心敛神、息息归根、气贯丹田的方法，通过日积月累的锻炼，调整机体脏腑之间的阴阳平衡，使肾气充实，元气旺盛。气足神自旺，神旺则头脑清醒，步履稳健，体质增强。从而起到养生益智，祛病延年的作用。
