探索自然奥秘是人类的天性，“是什么？为什么？”是打开科学宝库的两把钥匙。开动脑筋，独立思考，不迷信，不盲从，是有科学素养的表现。特别是处于知识经济信息爆炸的时代，大量信息涌入眼帘，令人眼花缭乱，无所适从，更要提高识别真伪的能力。对那些没有实践经验和实验依据的垃圾信息，要采取马克思所说“怀疑一切”的态度。
探索健身气功功理是必要的，否则歪理邪说会误导人们走人歧途。所以健身气功管理中心成立以来，首先提出“讲科学、倡主流、抓管理”的正确思路。不惜投入大量人力、财力，对新编创的健身气功进行严格的现代科学研究，以便证实其健身作用，阐明其健身机理。尽管这些研究还有待深入，但已确立了良好的开端。这项工作是需要一定物质设备条件的，不是人人都能参与的。对于广大练功群众来说，要从传统的中医理论方面进行探讨，也未尝不可。但是要扬长避短，取其精华，弃其糟粕，千万不可沿着传统的思路，越走越远。因为越深入到微观领域，就难免主观臆测和推断了。无论是精、气、神理论，还是阴阳五行、脏象经络学说，从宏观领域来说，都是正确的，具有哲理的性质，高屋建瓴，能指导实践。但是真理超越一步，就可能是信口开河，谬种流传。所以在运用中医理论探讨健身气功功理时，宜粗不宜细，只能在宏观领域里高度概括，具体机制的探讨，还要靠现代科学。例如“摇头摆尾去心火”，首先要弄清楚心火的概念。古人对内脏结构和功能的联系有部分了解，但又不完全了解，于是就以观察外部机能状态和反应状态为主来建立概念，往往忽略其形态结构，这是一种用黑箱方法建立的灰箱模型，与现代实验医学的解剖生理系统不同。中医的脏腑不仅是一个解剖学的概念，更重要的是一个生理病理概念。所以中医讲的“心脏”，除了在解剖上代表跳动着的心脏外，还包括了一部分循环系统和神经系统的某些功能。心火旺时，可能出现心烦、心悸、失眠、多梦、胸闷、胸痛、口舌生疮等症状。这一动作是否能去心火，还要靠实践来证明。至于为什么能去心火？还需要用现代科学去探索，不要用中医基础理论去牵强附会的解释，因为这正是中医理论的短处。
中医理论的长处在于从宏观角度看问题，站得高，看得远。运用现代系统论、信息论、控制论等边缘科学来理解中医理论体系，就可以令人信服地了解其科学性之所在。中医理论与这些边缘科学，在整体观念、恒动观念、等级结构、信息传递、控制反馈，以及黑箱方法、功能模拟方法、模糊识别与模糊控制等方面，都有惊人的相似之处，只是概念的表述不同而已。中医经历了两千多年的发展与考验，建立了完善的理论框架，其特色是：“正气存内，邪不可干”，“正气为本，邪气为标”，就是说主要靠人体自动调节机制和免疫系统机能抵御外界干扰。“上工治未病”，高明的医生善于因势利导，“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，凡事“勿太过与不及”，治疗不要导致更大的失衡，“中正和平”才能“阴平阳秘，精神乃治”。在这种理论指导下，中医的辨证论治模式是简明而有效的。任何复杂的疾病，用“一分为二”的思想方法，首先分辨外感或内伤。外感再分寒热，分别用六经、卫气营血和三焦辨证；内伤再分虚实，虚证不外气血阴阳之虚，实证不外六淫、痰饮、气滞、血瘀、食积、虫积等邪气，最后落实到脏腑经络。但是中医的诊断指标不够标准化、客观化，“证侯”不够规范化，总结经验时缺乏现代统计学处理，容易把个别经验上升为一般规律。这是由于中医注重宏观调控，重视外在的形态结构和机能状态变化，而对内在的微观变化不够明了，这既是中医的长处，也是其短处所在。人体是一个很复杂的巨大系统，当其中的相互作用不完全清楚时，要获得某种认识，比较聪明的方法是采用模型法。阴阳是一种简化法的二元模型，五行是一种多体稳定系统反馈控制模型；脏象经络学说是一种用黑箱方法建立的灰箱模型；经络是一种传输物质、能量、信息的网络模型。病因病机学说，运用了模拟方法和同构系统理论，以症状和体征模拟自然现象去推测病因病理：从人体反应状态出发，以结果概括多因素的综合作用，这就是便于实现控制的巧妙办法。许多因素同时作用于人体，出现一个特定的反应状态，所以用一个概念加以概括也是合乎逻辑的。例如中医所谓“风”、“寒”、“湿”、“热”等六淫邪气，就包括了物理、化学、生物等许多致病因素与人体反应状态相互作用的结果。中医诊断学的实质就是建立了关于人体典型反应状态的模型，诊法的精髓在于逐级“一分为二”地定性分析，以四诊为手段，直观地获得信息，与典型反应状态模型进行比较，实质是模糊识别和综合评判。治则的精髓在于平衡原理，用各种手段纠正偏离目标的状态。辨证论治就是控制的艺术，实质是运用模糊聚类分析和反馈控制原理，进行模糊控制，其精髓在于因、证、诊、治的综合，理、法、方、药、疗（非药物疗法）的统一。对于人体这样复杂的巨系统，中医的控制的艺术十分高超，这就是抓住影响全局的关键部分，首先调整好，其余各层次的反馈调节，由人体自动调节机能来完成（这与社会上市场经济的宏观调控十分相似）。于是阴阳、精气神、五脏、气血、三焦、卫气营血、六经等一些简单的控制模式，在实践中却能从根本上解决复杂的问题。据此而形成的气功养生学，也以精神调摄、顺乎自然、中正和平为特色。所以要使健身气功发挥最大的健身效果，首先要以调心为核心，通过形体训练来达到心理平衡的目的，使身心和谐统一，保持心理健康，从而实现ＷＨＯ提倡的全面意义的健康。
