古人仰观天象，俯察地理，中傍人事，经过抽象概括，类比推演，分析综合，逐渐形成了许多哲学概念和范畴，其中有关物质、运动、时间、空间、量变、质变、矛盾、否定之否定等范畴都涉及到了。阴阳五行模型就包函了这许多观念，表达了系统由简单到复杂，不断发展进化的思想，古人用以描述气侯的周期性变化，植物的生活周期，以及人体新陈代谢的升清降浊等周期性变化，这是关于宇宙物质运动形式的一种假说。大至天体的运行，小至微观粒子的运动，基本上都是有节律的旋转或振荡；人与环境这个巨系统的动态变化虽然十分复杂，但其最突出的特征也是有节奏的周期性变化，现代称为生物钟。阴阳升降、精气神转化和五行生克所描述的也正是这样一些周期性变化的现象，这是一种抓住系统动态特征的简化方法科学。
2．健身气功基本原理
2．1哲学不能代替具体科学
哲学具有普遍的指导意义，但是它不能代替具体科学知识。它是在专门学科知识的基础上，从特殊到普遍，进行了高度地概括，形成了理论化、系统化的世界观和方法论。所以传统的气功原理只有哲理是不够的，必须在正确哲理的框架内，充填上现代人体科学的血肉。
2．2科学理论必须反映客观规律
科学理论应该能反映客观规律，具有普遍性，实践性，预见性，简明性。以此衡量传统气功理论，基本上是科学的。周易、八卦、元气论、精气神学说、阴阳五行学说、脏腑经络学说等等，是我们祖先认识自然、社会、人体的简化模型。
宇宙的普遍联系和永恒运动是无需证明的公理，古典理论是用整体观念和恒动观念来表达的。古人认为人是大宇宙中的小宇宙，人体的结构和功能与外界环境有许多相似性和一致性。生命存在的条件，不但要求维持内环境的相对稳定，也要求与外环境保持和谐与统一。但是外界环境又是处于永恒的运动之中，为了维持人体结构和功能的稳定以及生命活动的秩序，人体必须与外界环境不断地交换信息、能量与物质，这就是生命的基本特征──新陈代谢。事实上这是在变化中求稳定，是维持动态平衡，因而是在一定范围内进行周期性振荡的负反馈调节机制，这就表现出生命的另一个特征──周期性节律。生命过程的这两个基本特征又是同一的，正是在调节新陈代谢同化与异化作用平衡的过程中，才表现出生命的节律，其本质正是静与动的矛盾，而解决这一矛盾是靠生命本身的调节机能来完成的，这就是生命固有的本质属性──主动性，而人的主观能动性则表现得更加明显和完善。健身气功的基本原理就在于此，即主动的自我控制，调节动态平衡。这种调控能力，在气功的基本概念中，概括为“三调”。这些在阴阳五行、精气神、脏腑经络等学说中，都得到了很好的说明；当然这种说明只是一种宏观地描述，是对微观现象一种聪明地猜测。
2．3中医学把阴阳五行学说具体化
运用“三论”等边缘科学来理解中医理论体系，可以令人信服地了解其科学性。 国外有识之士认为：西医和中医在研究方法论上的差别，与经典力学和量子力学在方法论上的差别非常相似。前者依赖的是确定性，而后者常用的语言却是概率性的。当一个系统很复杂，其中的相互作用又不完全清楚时，要获得某种认识，比较聪明的方法是采用模型法。阴阳是一种简化法的二元模型，五行是一种多体稳定系统反馈控制模型；脏象经络学说是一种用黑箱方法建立的灰箱模型；经络是一种传输物质、能量、信息的网络模型。运用三论来分析中医理论体系，会发现在整体、恒动、等级结构、信息传递、控制反馈等观念，以及黑箱方法、功能模拟方法、模糊识别与模糊控制等方面，都有惊人的相似之处。无论耗散结构理论还是协同学、突变论等新三论，都处于奠基发展中，而中医理论体系则经历了两千多年的发展与考验，建立了完善的理论框架。这一医疗保健理论的特色是：“正气存内，邪不可干”，“正气为本，邪气为标”，就是说主要靠人体自动调节机制和免疫系统机能抵御外界干扰。“谨察阴阳所在而调之，以平为期”，凡事“勿太过与不及”，“中正和平”才能“阴平阳秘，精神乃治”。在这种理论指导下，中医的气功学就是养生学。
中医学把人与环境这一巨系统简化为阴阳两大部分，各部分又可不断地逐次划分阴阳，于是简单之中孕育着复杂，显示出系统的等级和层次。就人体来说，构成形态结构的精微物质称为阴精，驱动生命运动的动力称为阳气，所以阴阳的基本属性就是阴主静而阳主动，通过相互依存、对立、消长、转化，就维持了人体系统的稳态──动态平衡，这就是健康状态。阴精和阳气构成了人体的正气、真气，而环境中一切干扰稳态的因素，统称为邪气。气功锻炼可以调整阴阳平衡，扶正祛邪，所以能祛病延年。
动则生阳，静则生阴；吸为阳，呼为阴；调心的意守、观想，也能调和阴阳。现代心理学证明，暗示和想象，能影响许多生理功能。大量地现代研究，使古老的气功学登上了现代科学的殿堂。如练功前后脑电、肌电、皮肤电、心电、心率、血压、皮温、呼吸、血氧饱和度、血糖、血脂、血液成份、内分泌激素、消化液分泌等等的变化，从微观方面说明了古代理论的正确。基础实验和临床观察资料表明，气功锻炼对人体机能活动有明显的调整作用，可以改善神经系统、血液循环系统、内分泌系统、呼吸系统、消化系统、免疫系统、泌尿生殖系统、运动系统的机能，改善新陈代谢过程，往往呈双向调节效应。在“动员状态”时能提高代谢水平，迅速应急，而在非“动员状态”时，又能把代谢水平降至极低，使人体从“耗能状态”转向“储能状态”。这样使物质代谢处于良性循环状态，不但保持健美，而且延年益寿，发挥潜能。
