藏精，是肾的主要生理功能，即是说肾对于精气具有闭藏作用。肾所藏的精，包括"先天之精"和"后天之精"两部分。所谓"先天之精"，即禀受于父母的生殖之精，它是构成胚胎发育的原始物质，具有生殖、繁衍后代的基本功能，并决定着每个人的体质、生理、发育，在一定程度上还决定着寿命。在出生离开母体后，这精就藏于肾，成为肾精的一部分，它是代代相传、繁殖、生育的物质基础。所谓"后天之精"，即指脏腑之精，是饮食水谷所化生的各种精微物质。因为这精来源于出生后，依赖于脾胃所化生，故称之为"后天之精".它是维持人体生命活动的营养物质，主要分布到五脏六腑、皮毛筋骨，以发挥其滋养濡润作用。其通过代谢平衡后所剩余的部分，则输注到肾脏，成为肾精的一部分。
后天之精的化生，依赖于先天之精的资助，先天之精亦依赖于后天之精的补充，才不致耗尽。先天之精与后天之精是相互依存、相互补充、相互促进的，二者相辅相成，从而保证了肾精的充盛。先天之精与后天之精的来源虽然有异，但均藏于肾，二者是不能截然分开的。所以肾精的盛衰，除了和先天条件有关外，还和后天营养是否充盛有密切关系。
肾藏精的生理功能十分重要，是生养身体的根本。而肾所藏之精属于物质，这种物质又可转化为功能，即肾精能化气，肾精所化之气，称为肾气。肾气保证了人体的健康功能。肾中精气的盛衰，决定着人体的生长、发育过程和生殖机能的旺盛与衰减。
肾主生殖人体的生殖机能包括两个方面，即性功能和生殖能力，它是繁衍后代、代代相传的根本保证。中医学认为，人体的生殖机能，主要和肾有关。一方面，肾藏精，肾精是人体胚胎发育的基本物质，是生命起源的物质基础。另一方面，肾精又能促进生殖器官发育，使生殖机能成熟并维持生殖机能旺盛不衰。
人在出生以后，由于先天之精不断得到后天之精的滋养，肾的精气逐渐充盛，发育到青春期，体内就产生了一种促进生殖机能成熟的物质，中医学称之为"天癸".所谓天癸，乃是一种促进性腺发育成熟的物质。它来源于男女之肾精，主要由先天之精所化，又不断得到后天之精的滋养和充盈。天癸能促进人体的生长发育与生殖。当天癸发展到一定水平时，则男子出现排精现象，女子按时排泄月经，男女性机能开始成熟，并已具备生殖能力。此后，随着年龄的变化，肾精由充盛而逐渐衰减，天癸也逐渐减少，生殖能力逐渐减弱，直至丧失。由此可见，天癸的盛衰主要依赖于肾中精气的盛衰，而人体的生殖机能，主要通过天癸而发挥作用。既然肾中精气的盛衰，直接影响到人体的生殖机能，所以当肾中精气衰减时，就会导致性机能和生殖机能的异常。而对于性机能和生殖机能的病变，也往往采用填补肾精的方法治疗。
肾主生长发育人体的整个生长、发育过程，均和肾中精气的盛衰存在着极其密切的内在联系。人从幼年开始，肾中精气开始充盛，人体生长、发育迅速，生机活泼，在七、八岁时，由于肾中精气的逐渐充盛，出现了齿更发长的生理变化。到了青壮年，肾中精气更加充盛，不仅具备了生殖能力，而且身体强壮，筋骨坚强，精神饱满，牙齿坚固，头发黑亮，处于人生中身体最强壮的时期。进入老年，由于肾中精气开始衰减，人的形体逐渐衰老，不仅生殖机能丧失，而且头发斑白，牙齿动摇，弯腰驼背，步履不稳，耳聋失聪，面憔无华。
既然肾中精气的盛衰，决定着人体的生长、发育，那么在肾中精气不足时，往往出现生长发育方面的异常。如在幼年时期，肾中精气不足，则可致生长、发育迟缓，智力低下，或"五迟"（立迟、行迟、齿迟、语迟、发迟）、"五软"（手足软、头软、颈软、肌肉软、口软）；在成年时期，如肾中精气亏损过度，则可未老先衰，表现为发脱齿摇，头晕耳鸣，记忆力减退，性功能衰弱。因此，临床上常采用补肾精的方法治疗，能获得一定疗效。另外，在肾主生长发育这一理论的指导下，对于抗衰老的预防，历代医家都极为重视调补肾脏，目前研制的抗衰老药物，尤以补肾者为多。
肾藏精，肾精化生肾气，肾精充足，则肾气旺盛；肾精亏损，则肾气衰弱。肾精与肾气互为体用，故有时将二者合称为精气。肾中精气是机体生命活动的根本，对机体各种生理活动均起着极为重要的作用，故肾被看作"先天之本".从阴阳属性来分，精属有形，为阴；气属无形，为阳。所以亦称肾精为肾阴，称肾气为肾阳，又称"元阴"和"元阳".肾阴是一身阴液的本源，对机体各脏腑组织器官起着滋润、濡养作用。肾阳是一身阳气的根本，它对机体各脏腑组织器官起着温煦和推动作用。肾之阴阳是人体各脏腑阴阳的根本。由于阴阳同居肾中，故肾又被称为"水火之宅".
（二）主水液
肾主水液，主要是指肾脏具有主持和调节人体水液代谢的生理机能。人体水液代谢的调节，虽然与肺、脾、肝、肾等多个脏腑有关，但起主导作用的是肾，肾对水液代谢的调节作用，贯穿在水液代谢过程的始终。
肾主水液功能主要是通过肾的气化作用来实现的。所谓"气化"，是指肾中阳气的蒸化作用。肾阳蒸化水液，使水能气化，又能使气聚而为水，以利于水液在体内的升降出入、布散排泄，从而使水液代谢维持正常。具体来说，肾主水液的作用主要表现在以下三个方面：
首先是升清降浊。在水液代谢过程中，水液有清浊之分，所谓"清者"，即指含有营养成分的部分水液；所谓"浊者"，即指含有各种代谢废物的水液。清者上升，浊者下降，是水液在体内气化的基本规律。水液代谢，首先是通过脾胃的受纳、消化和运化，其精微部分转输于肺，通过宣发肃降，使清者上升，浊者下降归于肾。归于肾的水液虽名为浊，但其中仍含有清的部分，故在肾阳蒸化作用下，浊中之清可进一步蒸腾气化，复上升于肺，再次布散周身，这种生理过程，称为"肾的升清功能".而其中的浊中之浊，则注入膀胱为尿，这个生理过程称为"肾的降浊功能".因此，在肾的气化作用下，清升浊降，促进着体液的代谢，维持着人体水液代谢的平衡。
